Служба организации труда, заработной платы и структур управления организует и обеспечивает руководство работой по вопросам организации, нормирования и оплаты труда, изменений организационной структуры управления на железной дороге; организует контроль за разработкой Положений обособленных структурных подразделений, которые входят в состав Южной железной дороги; осуществляет методическое руководство по применению действующих форм и систем оплаты труда, материального стимулирования работников железной дороги, рационального использования рабочего времени; организует подготовку, заключение и осуществляет контроль за выполнением коллективного договора железной дороги; осуществляет контроль по определению групп (классов) предприятий и структурных подразделений по оплате труда руководителей; анализирует существующие системы управления железнодорожным транспортом и вносит предложения о создании, реорганизации, ликвидации служб и структурных подразделений железной дороги.