Маневровые тепловозы ЧМЭ3 эксплуатируются практически во всех локомотивных депо Южной: ТЧ-5 Полтава, ТЧ-6 Кременчуг, ТЧ-7 Ромны, ТЧ-8 Смородино, ТЧ-9 Лозовая, ТЧ-10 Харьков-Сортировочный, ТЧ-12 Гребенка, ТЧ-15 Купянск.